Kostel sv. Josefa je součástí kláštera sv. Voršily na Orlí ulici. Byl vystavěn v polovině 17. století přes výhrady městské rady k tomuto záměru s odůvodněním, že ve městě a okolí je již čtrnáct nádherných kostelů a málo místa pro domy měšťanů.

Po vyvlastnění objektu kláštera v roce 1945 došlo k jeho celkové obnově pro účely Technického muzea, ale po roce 1989 byl klášter navrácen zpět řádu sv. Voršily.
Krypta kostela sv. Josefa byla zpřístupněna svým druhým vstupem (první vstup je pod podlahou kostela) z dvorního traktu kláštera v roce 1994. Byl objeven při odstraňování venkovní expozice, když autojeřáb najel na ukrytou chodbu a porušil její strop.

Po otevření krypty bylo zjištěno, že tělesné ostatky řeholnic, uložené po obvodu zdí v šachtách hlubokých 2,5 m, byly narušeny a zpřeházeny, pravděpodobně při jejím vyloupení. Svědčil o tom i nález malé cínové rakve s bezhlavým torzem pozůstatků ženy vysoké asi 120–130 cm. Jednalo se o liliputku šlechtického původu, umístěnou rodiči do kláštera. Kostra byla oblečená do honosných růžových šatů s krajkami v překvapivě zachovalém stavu. Na víku rakve byl vymalován bohatě zdobený erb. Po provedené exhumaci v roce 1995 byly ostatky celkem sto šedesáti řeholnic pietně pohřbeny na ústředním hřbitově. Další ostatky umístěné pod cihelnou dlažbou krypty byly ponechány na místě.

Čtvercový prostor krypty zaklenutý silně stlačenou valenou klenbou z cihel je velmi dobře větrán a ve výborném technickém stavu. V čele krypty, mezi oběma vstupy, je na zdi umístěna kamenná deska s textem: ROKU 1658 V ČERVNU V BOHU BLAŽENĚ ZESNULA ODDANÁ BOHU ŘÁDOVÁ SESTRA POLYXENA BOCKISCH VE VĚKU 32 LET VSTOUPILA DO ŘÁDU V 8 LETECH BYLA ZDE POHŘBENA PRO VELKOU VODNATELNOST JEJÍ DUŠI BUĎ BŮH MILOSTIV AMEN.